Unter Linux verwende ich zum Synchronisieren zweier Verzeichnisse rsync wie folgt:

rsync -avh --delete --progress <Quelle> <Ziel> > sync.log &

Die Option –delete sorgt dafür, dass Dateien, die im Ziel-Verzeichnis vorhanden sind und nicht im Quell-Verzeichnis, im Ziel-Verzeichnis gelöscht werden.

Unter Windows verwende ich robocopy:

start /B robocopy <Quelle> <Ziel> /MIR /LOG:sync.log /NP

Die Option /NP sorgt dafür, dass in der Log-Datei keine Fortschrittsinformationen in Form von Prozentangaben enthalten sind.
Das Kommando start /B sorgt dafür, dass der robocopy Befehl im Hintergrund ausgeführt wird.